Доклад главе Федерального космического агентства представил лично председатель научно-технического совета госкорпорации «Ростехнологии» Юрий Коптев. По сведениям «Коммерсанта», основной причиной инцидента называется "программный сбой, вызвавший одновременный перезапуск двух работающих каналов бортового вычислительного комплекса".

Как заявил источник в ракетно-космической отрасли, комиссия рассматривала несколько версий аварии, многие из них были признаны несостоятельными сразу, а некоторые - после стендовых испытаний. В числе последних - версия о том, что запуск «Фобос-Грунта» сорвали радары на американском полигоне имени Рейгана. В ходе испытаний электроника, аналогичная той, которая была установлена на аппарате, выдержала максимальный уровень облучения, что позволило экспертам отказаться от версий о внешнем воздействии на «Фобос-Грунт».

Межпланетная станция «Фобос-Грунт» была запущена 9 ноября 2011 года. Аппарат должен был добраться до спутника Марса - Фобоса, опуститься на его поверхность, взять образцы грунта и отправить их обратно на Землю в специальной капсуле.

Спустя несколько часов после начала полета на борту аппарата возникли неполадки - не включился маршевый двигатель, который должен был вывести «Фобос» на отлетную траекторию к Марсу. Аппарат застрял на опорной орбите вокруг Земли и пробыл на ней до 15 января 2012 года, пока не сгорел в плотных слоях атмосферы.

По словам того же источника «Коммерсанта», сбои в получении данных с аппарата начались вскоре после вывода на околоземную орбиту. Лишь несколько раз Роскосмосу и Европейскому космическому агентству удалось получить отрывочные показания с «Фобос-Грунта», что свидетельствует о том, что уже на этом этапе БВК не действовал согласно заложенной циклограмме полета. После автоматического одновременного перезапуска бортовой компьютер не смог реализовать ни единого маневра по выводу аппарата на отлетную орбиту.