В Fall of the Samurai игрокам предстоит возглавить один из шести кланов. Кроме того, свои интересы в Японии будут преследовать Америка, Британия и Франция. На полях сражений появятся новые войска, соответствующие эпохе. Всего добавлено тридцать девять типов войск и десять видов кораблей. Кроме того, появился 3D-режим. В Fall of the Samurai также дебютируют три новых агента с особыми навыками, представлено четыре исторических сценария и улучшен многопользовательский режим.